اما مشکلات معیشتی مانع تحصیل او نمی‌شد، پس از فراغت از کار روزانه، تا پاسی از شب در مسجدی که امروز به نام مسجد هرندی می‌شناسندش، دروس فقه و اصول می‌خواند.
سید علی اندرزگو، در نوجوانی با سید مرتضی نواب صفوی آشنا شد. آشنایی با منش و شخصیت نواب صفوی بر او نیز اثر کرد و بذر مبارزه را در جان او کاشت. اندرزگو بعدها و در 15 خرداد 42 یکی از عاملان راه‌اندازی تظاهرات مردمی بود.
همان شب امام برای تقدیر کتابی به او هدیه داد. سید علی اندرزگو در جریان همراهی با نهضت امام خمینی دستگیر شد. او زیر شکنجه بارها بیهوش شد اما در نهایت ساواک بدون این که بتواند اطلاعاتی از اندرزگو بگیرد، رهایش کرد.
آزاد که شد با -شهید- حاج‌صادق امانی و دیگر دوستانی که از سابق می‌شناخت ارتباط برقرار کرد تا این که مسئله اعدام انقلابی حسنعلی منصور، نخست وزیر وقت مطرح شد.
اندرزگو پس از شلیک بخارایی، تیر خلاص ملت را در سر منصور نشاند. زندگی مخفیانه سید علی اندرزگو با نام‌های گوناگون از همان روز و از هجرت او به قم آغاز شد. ساواک که از یافتنش مایوس شده بود، او را غیاباً محاکمه کرد و حکم به اعدام او داد.
اندکی بعد شناسایی شد و برای استفاده از وجود امام خمینی به نجف رفت؛ در سال 1345 به قم رفت و پس از شناسایی با نام شیخ علی تهرانی، ناگزیر به تهران آمد و در محله چیذر ساکن شد.
در سال 1351 شمسی، یکی از دوستان وی دستگیر و در زیر شکنجه‌های طاقت‌فرسا درباره شهید اندرزگو اعتراف کرد و ساواک از سر نخی که به دست آورده بود، خواست او را دستگیر کند.
اما او با نام مستعار و با ظاهری دیگربه قم، مشهد، زابل و زاهدان رفت و از آنجا خود را به افغانستان رساند.
آرش تهرانی از ماموران شکنجه ساواک در اعترافات خود می‌گوید: در مکالمه تلفنی که دختر حاج اکبر با او انجام داد معلوم شد در سر کوچه منزل آنها درگیری روی داده و تیراندازی شده و یک یا دو نفر کشته شده‌اند. من با واحد اجرایی کمیته مشترک تلفنی تماس گرفتم و معلوم شد که هوشنگ ازغندی خودش در صحنه عملیات بوده و جریان درگیری به این صورت بوده است که مأمورین تیم، شهید سید علی اندرزگو را مشاهده و به مأمورین اکیپ ضربت نشان می‌دهند، مأمورین هم در سر کوچه به شهید سید علی اندرزگو دستور ایست می‌دهند ولی او با انجام حرکاتی که خود را مسلح نشان می‌داد به رگبار مسلسل بسته می‌شود و هنگامی که به زمین می‌افتد دفترچه یادداشت بغلی خود را از جیب بیرون می‌آورد و در همان حالت خونریزی شدید دفترچه را ورق می‌زند و چند برگ آن را که مطالبی روی آن نوشته بود -اطلاعات محرمانه فعالیت‌های انقلاب- پاره می‌کند و در دهان خود می‌گذارد و می‌خورد.
جریان جزئیات دقیق ترش به این صورت بوده است که اول خود کمیته گارد اوین در دستگیری وی دخالت داشتند و به سید علی اندرزگو ایست می‌دهند و سید علی اندرزگو دستش را بالامی برد و افراد گارد کمیته یک رگبار مسلسل به بغل سید علی اندرزگو به دیوار می‌بندند ولی سید علی اندرزگو دستش را پایین می‌آورد و خودش را مسلح نشان می‌دهد، که یکی از مأموران هول می‌شود و رگبار مسلسل به پای سید علی اندرزگو می‌بیند [می بندد] و باز سید علی اندرزگو ول نمی‌کند دوباره دستش را به طرف جیبش می‌برد و خودش را مسلح نشان می‌دهد که این بار رگبار را به طرف وی شلیک می‌کنند که به زمین می‌افتد و شهید می‌شود.
اگر مرا بکشند
حسن صالحی از همرزمان شهید اندرزگو در مبارزات که حالا دهه هشتم زندگی‌اش را تجربه می‌کند، می‌گوید: ساواک مدت‌ها به‌دنبال سیدعلی اندرزگو بود. تا بالاخره با کنترل 6ماهه تلفن‌هایی که ما داشتیم متوجه شده بود که سیدعلی کجاست؟ 19 ماه مبارک رمضان بودکه ایشان را به شهادت رساندند.
شب نوزدهم منزل من بود و می‌خواست از آنجا به منزل حاج اکبر آقا، اخوی بنده برود. در مسیر منزل ما و برادرم ایشان را شناسایی و به شهادت رساندند. همان شب به منزل ماریختند و 5 نفر از برادران ما را دستگیر کردند و به زندان اوین منتقل کردند.
سید علی اندرزگو می‌گفت اگر من را بکشند حکومت آنان ساقط می‌شود. او به این حرف ایمان داشت و با یقین صحبت می‌کرد. او می‌گفت ساواک نمی‌تواند من را زنده دستگیر کند مگر جنازه من را به دست آورند.
